通常時は6種類、大当り終了後に2種類と計8種類の内部モードを搭載。

通常時は小当り・2R確変を契機にモード移行を行い、小当り・2R確変当選時は「ドルフィンゾーン」に約4G滞在後、「ミュートス編」「ミュータント戦士編」「地下帝国ヨミ編」のいずれかへ移行する。

モード移行後は低確or潜確に関係なく、それぞれ約15～20G前後滞在後、一旦通常モードへ転落するが、再度いずれかのモードへ突入すれば潜確期待度がアップする。

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○009モード(通常)
潜確期待度:☆
通常時のメインモードで、縦スクロールの「アグレッシブスタイル」と横スクロールの「コミカルスタイル」の選択が可能。

○暗殺者編「ボーカーモード」
1回転限定の特殊ステージで、ボーカー成立役で大当り期待度が異なる。

○ドルフィンゾーン
潜確期待度:☆
モード移行の際(小当りor2R確変後)は、必ず一旦はココへ移行し、4回転滞在後「ミュートス編」「ミュータント戦士編」「地下帝国ヨミ編」のいずれかへ移行する。

○ミュートス編「ミッションモード」
潜確期待度:★
ミッションクリアで大当りとなる潜確の可能性があるモード。内部確変であっても約20回転前後で009モードへ転落する。

○ミュータント戦士編「サーチモード」
潜確期待度:★★
ミュータント戦士を探索する1ラインモード。登場キャラやアイテムで潜確期待度が変化する。内部確変であっても20回転前後で009モードへ転落する。

○地下帝国ヨミ編「9ラインモード」
潜確期待度:★★★
潜確期待度が最も高いモードで、ライン数は文字通り9ラインへ変化する。潜確でも20回転前後で009モードへ転落する。

◆加速モード
確変確定モード
大当り中のバトル演出に勝利(16R確変)後に突入する確変確定モード。サイボーグ009らがスカールに遭遇すれば大当りとなる。

◆潜入モード
確変or時短モード
大当り中のバトル演出敗北時(8R確変or8R通常)に突入する確変or時短モード。加速モード同様、スカールに遭遇すれば大当りとなる。